St. Pauli II är reservlaget till det professionella fotbollslaget FC St. Pauli i Hamburg, Tyskland. Laget spelar i Regionalliga Nord, den fjärde nivån i det tyska fotbollssystemet. St. Pauli II har vunnit Regionalliga Nord två gånger, 2006/07 och 2009/10, men har aldrig lyckats ta sig upp till 3. Liga. Laget spelar sina hemmamatcher på Millerntor-Stadion, som även används av första laget. St. Pauli II är känd för sin starka ungdomsakademi, som har fostrat många talangfulla spelare, inklusive Dennis Diekmeier, Marcel Halstenberg och Sebastian Schachten.