Krasnodar U20 (ryska: ФК Краснодар U20) är ett ryskt fotbollslag från Krasnodar. Det är reservlaget till FC Krasnodar och spelar i Russian Youth Football League.

Klubben grundades 2013 och deltog i Russian Youth Football League för första gången under säsongen 2013/14. Laget slutade på nionde plats i sin första säsong i ligan.

Under säsongen 2014/15 förbättrade Krasnodar U20 sitt resultat och slutade på sjunde plats i ligan. Laget fortsatte att prestera bra under säsongen 2015/16 och slutade på tredje plats i ligan.

Under säsongen 2016/17 vann Krasnodar U20 sin första stora trofé efter att ha besegrat Zenit St. Petersburg i finalen i Russian Youth Cup. Laget slutade också på andra plats i ligan den säsongen.

Under säsongen 2017/18 vann Krasnodar U20 sin andra stora trofé efter att ha besegrat Spartak Moskva i finalen i Russian Youth Super Cup. Laget slutade också på tredje plats i ligan den säsongen.

Under säsongen 2018/19 vann Krasnodar U20 sin tredje stora trofé efter att ha besegrat CSKA Moskva i finalen i Russian Youth Football League. Laget slutade också på andra plats i ligan den säsongen.

Under säsongen 2019/20 vann Krasnodar U20 sin fjärde stora trofé efter att ha besegrat Zenit St. Petersburg i finalen i Russian Youth Cup. Laget slutade också på andra plats i ligan den säsongen.

Under säsongen 2020/21 vann Krasnodar U20 sin femte stora trofé efter att ha besegrat Spartak Moskva i finalen i Russian Youth Super Cup. Laget slutade också på andra plats i ligan den säsongen.