FK Baku, tidigare känt som Neftçi PFK Baku, var en professionell fotbollsklubb baserad i Baku, Azerbajdzjan. Klubben grundades 1997 och spelade sina hemmamatcher på Tofig Bakhramov Stadium.

FK Bakus storhetstid kom på 2000-talet, då laget vann tre azerbajdzjanska ligatitlar (2005-06, 2006-07 och 2008-09) och en azerbajdzjansk cup (2004-05). På internationell nivå nådde laget gruppspel i UEFA Cup 2007-08 och kvalificerade sig för UEFA Europa League-gruppspelet vid flera tillfällen.

FK Baku upplöstes 2017 på grund av ekonomiska problem.